Homološki modeli se također mogu koristiti za identifikaciju suptilnih razlika između srodnih proteina koji nisu svi strukturno riješeni . Na primjer, metoda je korištena za identifikaciju mjesta vezanja katjona na Na+/K+ ATPaze i za predlaganje hipoteza o afinitetu vezivanja različitih ATPaza.
Za šta se koriste homološki modeli?
Homološko modeliranje je jedna od računskih metoda predviđanja strukture koje se koriste za određivanje 3D strukture proteina iz njegove aminokiselinske sekvence. Smatra se najpreciznijom od metoda predviđanja računske strukture. Sastoji se od više koraka koji su jednostavni i laki za primjenu.
Šta je homološko modeliranje i zašto je potrebno?
Homološki model dobija trodimenzionalnu strukturu ciljnog proteina zasnovanu na sličnosti između šablona i ciljnih sekvenci i ova tehnika se pokazala efikasnom kada je u pitanju proučavanje membranskih proteina koji teško ih je kristalizirati poput GPCR-a jer pruža viši stepen razumijevanja …
Kako se radi homološki model?
postoji nekoliko koraka uključenih u modeliranje homologije
- odabir šablona koristeći vašu ciljnu sekvencu. U tu svrhu možete izvršiti BLASTp pretragu prema svim dostupnim proteinskim strukturama (PDB). …
- Poravnanje šablona i ciljne sekvence. …
- Kvaliteta vašeg modela. …
- Preciznostvašeg modela u skladu s tim.
Šta čini dobro homološko modeliranje?
Ako definiramo "veoma uspješan homološki model" kao onaj koji ima <=2 Å rmsd iz empirijske strukture, tada šablon mora imati >=60% identičnost sekvence sa ciljem za uspjeh stopa >70%. Čak i pri visokim identitetima sekvenci (60%-95%), čak jedan od deset homoloških modela ima rmsd >5 Å vs.
