Metode zasnovane na hvatanju konformacije hromozoma (3C) otkrivaju organizaciju hromozoma unutar jezgra određivanjem fizičke blizine parova tačaka duž hromatina. Oni čuvaju interakcije hromatina umrežavanjem praćenim fragmentacijom, ligacijom i sekvencioniranjem interakcijskih regija.
Kako funkcionira snimanje konformacije hromozoma?
Chromosome conformation capture-on-chip (4C) hvata interakcije između jednog lokusa i svih drugih genomskih lokusa. Uključuje drugi korak ligacije, kako bi se stvorili samo-cirkularizirani DNK fragmenti, koji se koriste za izvođenje inverznog PCR-a. … Na jednom mikromrežu može se analizirati otprilike milion interakcija.
Šta je hvatanje konformacije hromatina?
Chromatin Conformation Capture (3C) je važna tehnika koja se koristi za proučavanje strukture hromatina, kao i osnova za nekoliko drugih derivativnih tehnika. … Protokol uključuje formaldehidno umrežavanje ćelija praćeno izolacijom hromatina i varenjem sa restrikcijskim enzimom.
Kako funkcionira Hi-C sekvenciranje?
Hi-C pristup proširuje 3C-Seq za mapiranje hromatinskih kontakata u cijelom genomu, a također je primijenjen na proučavanje in situ interakcija hromatina. U ovoj metodi, kompleksi DNK-protein su umreženi formaldehidom. Uzorak je fragmentiran, a DNK je ekstrahirana, vezana i digestirana restrikcijskim enzimima.
Šta je Hi-C tehnika?
Klasična Hi-C tehnika uključuje restrikcionu digestiju formaldehidnog umreženog genoma sa restrikcijskim enzimima specifičnim za sekvencu, nakon čega slijedi popunjavanje i popravak probavljenih krajeva uz inkorporaciju nukleotidi vezani za biotin. Popravljeni krajevi se zatim ponovo povezuju.