Pošto sonifikacija može potencijalno degradirati proteine i denaturirati proteinske epitope, zatim smo procijenili utjecaj ultrazvuka na integritet proteina.
Može li ultrazvuk oštetiti proteine?
Popularni odgovori (1)
Standardni protokol ultrazvuka radije ne može uzrokovati fragmentaciju proteina- energija je preniska. Ne bi trebalo čak ni uzrokovati njegovu denaturaciju. Može se denaturirati kada ga predugo obrađujete ultrazvukom i pregrijete uzorak. Ako koristite hromatografiju nikla, druge trake mogu biti jednostavno nečistoće.
Može li sonikacija razbiti peptidne veze?
Obrada ultrazvukom normalno ne može razbiti primarnu strukturuproteina jer je ta struktura (sekvenca aminokiselina) izgrađena od kovalentnih veza koje su mnogo puta jače od vodikovih veza i ultrazvuk može obezbijediti energiju potrebnu za raskid tih veza.
Da li ultrazvuk razbija nuklearnu membranu?
A kratka sonikacija sa niskom energijom može poremetiti plazma membranu bez razbijanja previše mitohondrijalnih ili nuklearnih membrana koje popuštaju u taktnim mitohondrijama.
Da li je sonikacija neophodna za ekstrakciju proteina?
Slubilizacija deterdženta (npr. SDS) koja je potrebna za izolaciju membranskih proteina rezultira lizatom poput ljepila prvenstveno zbog nukleinskih kiselina. Sonikacija je stoga potrebna u takvim slučajevima da bi se poremetile ove nukleinske kiseline. Sonikacija generira mnogo topline i nije dobra zamnogo proteina.