Artefakti početnog dimera tipično se javljaju na velikom graničnom broju ciklusa (obično > 35 ciklusa), koji je veći od broja ciklusa praga za željeni amplikon. Dimeri prajmera se značajno povećavaju kada se doda heterologna genomska DNK.
Gdje biste vidjeli prajmer dimere na DNK gelu?
U ne-kvantitativnom PCR-u krajnje tačke, dimer prajmera će se pojaviti kao manje ili više blijeda mrlja na agaroznom gelu, ispod opsega proizvoda od interesa.
Kako nastaju dimeri prajmera?
Dimeri prajmera formiraju se kada se dva prajmera vežu jedan za drugi, umesto za šablon DNK, zbog regiona komplementarnosti prajmera.
Kako otkrivate dimere prajmera?
Najlakši način da provjerite ima li prajmer-dimera je da uporedite svoje reakcije na negativnu kontrolu (voda umjesto DNK ili RNK). Dimeri prajmera će se i dalje formirati u negativnoj kontroli. Neki setovi prajmera imaju veću vjerovatnoću da formiraju dimere od drugih.
Zašto se pojavljuju dimeri prajmera?
Uglavnom se primećuju dimeri prajmera zbog visoke koncentracije prajmera u PCR reakcijskoj smeši. Ili ako nema PCR amplifikacije i možete vidjeti na dimeru prajmera u agaroznom gelu. Ako ste u mogućnosti da vidite PCR proizvod onda možete smanjiti koncentraciju prajmera i zadržati ostale uslove istim.
